Ο 7ος αι. π.Χ. αποτελεί για την Αθήνα, και την Αττική γενικότερα, περίοδο περισυλλογής, αναδίπλωσης και εντέλει παρακμής, η οποία συνοδεύεται επιπρόσθετα από σημαντικότατη κάμψη στον υλικό πολιτισμό και κατά πάσα πιθανότητα από δραστική μείωση του πληθυσμού, όπως τουλάχιστον διαφαίνεται από το μικρό αριθμό ταφών που αποδίδονται στη συγκεκριμένη περίοδο. Δεν είναι τυχαίο ότι οι ιστορικές πηγές συνδέουν το διάστημα αυτό με μια κατάσταση γενικευμένης αναταραχής, στάσης και κοινωνικής διαμάχης μεταξύ των εύπορων τάξεων και των ελεύθερων γεωργών και τεχνιτών, η οποία εμπόδισε την Αθήνα να αναπτυχθεί κατά τον ίδιο τρόπο που αυτό επιτεύχθηκε σε πόλεις όπως το Άργος, η Κόρινθος, η Χαλκίδα και η Σπάρτη. Ορισμένοι ιστορικοί μάλιστα διατυπώνουν την άποψη ότι η Αθήνα επλήγη από παρατεταμένη ανομβρία την περίοδο εκείνη, γεγονός που προφανώς είχε αποτέλεσμα την παρακμή της γεωργικής παραγωγής και την ένταση των κοινωνικών συγκρούσεων.
Στο χώρο της Αγοράς επικρατεί η εικόνα που συναντήσαμε στη διάρκεια της Γεωμετρικής περιόδου, αλλά σιγά σιγά η συνήθεια να χρησιμοποιείται ο χώρος ως νεκροταφείο εγκαταλείπεται. Η τάση αυτή ίσως να οφείλεται στην πραγματικότητα στη μείωση του πληθυσμού και συνακόλουθα στον περιορισμένο αριθμό ταφών. Γεγονός πάντως είναι ότι στο χώρο της Αγοράς υπάρχουν σχετικά ολιγάριθμες μαρτυρίες για την περίοδο μεταξύ των αρχών του 7ου αιώνα και του 600 π.Χ. Η συνέχεια πάντως στη χρήση των οικογενειακών ταφικών περιβόλων που συναντήσαμε στην Ύστερη Γεωμετρική περίοδο φανερώνει ότι οι όποιες αλλαγές έγιναν σταδιακά.
Κατά τον 6ο αι. π.Χ. ο χώρος της Αγοράς εξελίσσεται εκ νέου. Αν και δεν υπάρχουν απτές ενδείξεις για οργανωμένη διοικητική χρήση της περιοχής από την εποχή του Σόλωνα (594 π.Χ.), εντούτοις καθαρίζονται και ισοπεδώνονται οι χώροι όπου προηγουμένως υπήρχαν οι γεωμετρικές οικίες. Το γεγονός ότι η περιοχή της Ακρόπολης χρησιμοποιείται για μια σειρά δημόσιες τελετές, οι οποίες επηρεάζουν και το χώρο της Αγοράς, ίσως να αποτέλεσε το έναυσμα για τις σχετικές εργασίες. Μάλιστα, ορισμένοι μελετητές δέχονται ότι η απαρχή της διαρρύθμισης του χώρου της Αγοράς ως τμήματος της πολιτικής ζωής της πόλης οφείλεται στη θεσμοθέτηση των Μεγάλων Παναθηναίων το 566 π.Χ. Η μεγάλη πομπή της γιορτής διέτρεχε την Αγορά κατά τα Κλασικά χρόνια και δεν υπάρχει καμία ένδειξη ότι κάτι τέτοιο δε γινόταν ήδη στην Αρχαϊκή περίοδο.
Το τέλος της Αρχαϊκής περιόδου σημαδεύεται από την πτώση της τυραννίας του Πεισιστράτου και των γιων του και την εγκαθίδρυση του πολιτεύματος της δημοκρατίας στην Αθήνα. Η δημοκρατία προέκυψε μέσα από μια διαδικασία σύγκρουσης των δύο κυριότερων πολιτικών παρατάξεων: από τη μία μεριά των αρίστων και των οπαδών τους και από την άλλη του δήμου, του πλήθους των ελεύθερων πολιτών, που όμως δεν κατείχαν πλήρη πολιτικά δικαιώματα την επαύριο της εκδίωξης των τυράννων από την Αθήνα (510 π.Χ.). Επώνυμος άρχων εκλέχθηκε ο Ισαγόρας, ένας ευγενής που είχε τη στρατιωτική στήριξη του βασιλιά της Σπάρτης Κλεομένη (ο οποίος είχε παρέμβει στρατιωτικά και είχε εκδιώξει τον Ιππία και τους οπαδούς του από την Αθήνα, καταλύοντας την πεντηκονταετή τυραννία της οικογένειας των Πεισιστρατιδών).
Ο Κλεισθένης, μέλος της οικογένειας των Αλκμεωνιδών, εμφανίστηκε ως προστάτης του δήμου και πρότεινε μια σειρά μεταρρυθμίσεις, οι οποίες μετέτρεψαν το πολίτευμα από αριστοκρατία σε δημοκρατία. Ο Ισαγόρας και ο Κλεομένης αντέδρασαν. Ο Κλεισθένης εξορίστηκε. Αργότερα εξορίστηκαν 700 ακόμη οικογένειες. Όταν όμως ο Ισαγόρας επιχείρησε να αντικαταστήσει τη βουλή με ένα σώμα 300 υποστηρικτών του, τα μέλη της αντέδρασαν και κάλεσαν το λαό στα όπλα. Οι εξεγερμένοι Αθηναίοι εκδίωξαν τους Σπαρτιάτες και επανέφεραν τον Κλεισθένη και τους εξόριστους πολίτες. Ο λαός (δήμος) είχε θριαμβεύσει σε αυτή την πρώτη πολιτική επανάσταση της ιστορίας.
Οι αλλαγές είναι κοσμογονικές: το 507 π.Χ. η Αθήνα νικά το συνασπισμό όλων των εχθρών της (Ευβοέων, Βοιωτών και Πελοποννησίων), το 500 π.Χ. αρχίζει να χτίζει τη θαλάσσια ηγεμονία της ελέγχοντας τη Λήμνο και τις θαλάσσιες οδούς προς τη Μαύρη θάλασσα, το 499-494 π.Χ. αποφασίζει να σπεύσει αρωγός των συγγενών της Ιώνων, που είχαν επαναστατήσει από τον περσικό ζυγό, και το 490 π.Χ. νικά τους Πέρσες στο Μαραθώνα. Στο διάστημα αυτό η νεοσύστατη δημοκρατία αναλαμβάνει ένα εκτεταμένο πρόγραμμα ανοικοδόμησης, που δυστυχώς μένει ημιτελές, λόγω του ξεσπάσματος των Μηδικών πολέμων και της καταστροφής της πόλης από τον Ξέρξη. Στη νότια κλιτύ της Ακρόπολης και στο χώρο της Αγοράς γίνονται εκτεταμένες εργασίες, των οποίων δυστυχώς τα ίχνη δεν είμαστε πάντα σε θέση να διακρίνουμε.
Κάποια πρώιμα Κτήρια (C και D), που ενδεχομένως να έχουν και δημόσια εκτός από ιδιωτική χρήση, ανήκουν στην περίοδο αυτή και εντοπίζονται στη νοτιοδυτική γωνία της Αγοράς, η οποία διαχρονικά επείχε θέση διοικητικού κέντρου. Συνολικά πάντως ο χώρος της Αγοράς συνεχίζει να χρησιμοποιείται από εργαστήρια κεραμέων και χαλκουργών. Ταυτόχρονα κάνουν την εμφάνισή τους τα πρώτα κτήρια με θρησκευτικό χαρακτήρα, όπως ο Βωμός των 12 Θεών, ο Βωμός της Αφροδίτης Ουρανίας και το Αιακείον, διοικητικά κτήρια (Παλαιό Βουλευτήριο) καθώς και ένα σημαντικό κρηναίο οικοδόμημα, η Νοτιοανατολική Κρήνη (που ορισμένες φορές ταυτίζεται εσφαλμένα με την Εννεάκρουνο). Κάποια από αυτά τα κτήρια σχετίζονται με την τυραννία των Πεισιστρατιδών, ενώ άλλα (Αιακείον, Παλαιό Βουλευτήριο) πρέπει να αποδοθούν στη δημοκρατία που εγκαθίδρυσε ο Κλεισθένης μετά το 507 π.Χ.
Η ΑΡΧΑΙΑ ΑΓΟΡΑ
Κατά τη διάρκεια της Αρχαϊκής περιόδου, η αγορά της πόλης πρέπει να αναζητηθεί σε άλλη θέση. Η ανακάλυψη της θέσης του Αγλαυρίου στη δυτική κλιτύ της Ακρόπολης, σε σημείο που δεν υποψιάζονταν οι αρχαιολόγοι, οδήγησε σε μια σειρά από μελέτες τη δεκαετία του ’90, οι οποίες έθεσαν σε νέα βάση τον προβληματισμό για το πρώιμο διοικητικό κέντρο της πόλης. Η Αρχαία Αγορά, όπως είθισται πλέον να αποκαλείται, πρέπει να ήταν το διοικητικό κέντρο της πόλης έως τα τέλη του 6ου αι. π.Χ.